Struktura organizacyjna projektu składa się z koordynatora (CO), workpackage liderów (WPM) i uczestników WP (WPP). W ramach WP lider zadania kieruje każdym zadaniem. Wszyscy uczestnicy projektu są częścią Zgromadzenia Ogólnego (GA). CO koordynuje projekt, monitoruje zasoby, kontroluje jakość produktów i umożliwia bezpieczny przepływ informacji między partnerami. CO jest odpowiedzialny za zarządzanie projektem i administrację, zapewniając, że projekt osiąga swoje cele i że jego wyniki są zgodne z planem pracy pod względem etapów i rezultatów, a także planowanych zasobów. Działania w zakresie zarządzania obejmują: (a) zawarcie umowy konsorcjum ze wszystkimi partnerami; (b) zapewnienie efektywnej współpracy w ramach zespołu oraz przestrzeganie zobowiązań umownych przez wszystkich uczestników; (c) działanie punktu kontaktowego między konsorcjum DOMINO Core-Organic; d) ułatwianie komunikacji wewnątrz projektu, tj. strona internetowa projektu, organizacja spotkania inauguracyjnego, spotkań projektowych i wizyt wymiany między partnerami; e) organizację sprawozdania z realizacji projektu, sprawozdań okresowych i końcowych; (f) zapewnienie stabilności finansowej dla płatności i raportowania do WE; (g) koordynację logistyki spotkań i komunikacji wewnętrznej (w ramach i między pakietami prac); (h) stosowanie procedur w celu zapewnienia jakości i zgodności z wymaganiami WE i umową konsorcjum.
WPM są odpowiedzialni za wszystkie zadania w ich poszczególnych pakietach i przygotowanie sprawozdań z WPM oraz przekazywania ich koordynatorowi. Gwarantują, że wszystkie etapy są realizowane, a ich rezultaty przygotowywane w formie raportów i dostarczane na czas do CO.
WPP, pod nadzorem WPM, przyczyni się do realizacji (a) konkretnych zadań w ramach każdego pakietu roboczego; (b) sprawozdawczości naukowej na temat ich działań w WP; (c) publikacji recenzowanych przez ekspertów oraz (d) spotkań projektowych. WPP zostanie włączony do procesów decyzyjnych w GA podczas spotkań projektowych.
Zarządzanie projektem koordynuje również naukowe podejście do metodologii, standaryzując różne układy eksperymentalne i analizy danych. Na początku projektu uczestnicy WP jasno zdefiniują metody eksperymentalne w celu uzyskania porównywalnych wyników. Szczegółowe protokoły metod zostaną zebrane w podręczniku i rozpowszechnione wśród wszystkich partnerów.